Le microbiote digestif, un écosystème complexe de micro-organismes, joue un rôle clé dans la digestion, l’immunité et la santé, tant chez l’homme que chez les animaux. En santé animale, il devient un outil essentiel pour le diagnostic et le traitement des pathologies. Cette rencontre a permis de faire le point sur les dernières avancées et perspectives concernant l’étude du microbiote digestif, en particulier chez les monogastriques (porcs et volailles). Les experts présents ont partagé les résultats de leurs recherches et projets R&D sur les nouvelles approches pour comprendre et optimiser la santé animale.

Retour sur la Rencontre Microbiote
Le 20 mars 2025, INNOZH a organisé une rencontre scientifique et technique sur le thème du microbiote digestif et son rôle dans l’optimisation de la santé des animaux d’élevage.
Cet événement, qui s’est tenu à l’Espace Sciences et Métiers de Ploufragan, a réuni des experts de divers horizons pour partager leurs connaissances et leurs recherches sur ce sujet crucial.

Focus sur le microbiote digestif des monogastriques
Objectifs de la rencontre
Cette rencontre était l’occasion idéale pour se tenir des dernières tendances et renforcer les projets d’innovation. Les participants ont pu échanger directement avec des chercheurs et des professionnels du secteur, découvrir les dernières innovations et discuter des perspectives futures. Un point a été fait sur les outils émergents pour le diagnostic et le traitement des pathologies animales grâce à une meilleure compréhension du microbiote.
Introduction et contexte
La journée a débuté par une introduction de Claudie Le Meur Bourdon, chargée de mission événements et réseaux au sein d’INNOZH. Elle a présenté les missions d’INNOZH, Centre de Ressources Technologiques (CRT) en santé et productions animales, qui accompagne les acteurs de la filière à différents niveaux : accompagnement des projets d’innovation, réalisation d’essais cliniques et zootechniques, et conception de formations. Claudie a également souligné l’importance de la diffusion technologique, qui est au cœur des Rencontres Scientifiques et Techniques organisées par INNOZH.
Les interventions de la matinée
Le Microbiote Digestif : diversité, approches et applications en Volaille à travers différents projets de recherche – Muriel Guyard, Anses
Muriel Guyard a présenté la diversité du microbiote digestif, les approches d’étude et les applications en volaille à travers différents projets de recherche. Elle a exposé des éléments de bibliographie ainsi que des techniques d’étude du microbiote, illustrées par des exemples concrets de projets de recherche en cours à l’Anses.
Agir sur la génétique de l’hôte pour moduler la composition du microbiote : exemple chez le porc – Catherine Larzul, INRAE Toulouse
Catherine Larzul a abordé la notion de prédisposition génétique comme facteur d’influence du microbiote chez le porc. Elle a expliqué comment la génétique de l’hôte peut moduler la composition du microbiote et a répondu à des questions sur (sachant que le premier microbiote est transmis par la mère ) et les réponses à la sélection.
Microbiote et santé des porcelets : le séquençage au service de l’évaluation des solutions nutritionnelles innovantes – Nelly Badalato, GenoScreen
Nelly Badalato a présenté les résultats d’un projet européen sur la santé digestive des porcs. Elle a mis en lumière l’utilisation du séquençage pour évaluer les solutions nutritionnelles innovantes et a discuté des perspectives réglementaires relatives au microbiote.
Évaluation de la variabilité du microbiote chez les monogastriques : un outil au service de vos projets – Jérôme Le Douce, INNOZH
Jérôme Le Douce a détaillé les méthodes et outils d’analyse de l’évaluation de la variabilité du microbiote chez les monogastriques et son utilité dans le cadre de projets d’innovation.
Audit d’évaluation des facteurs de risque d’une santé digestive altérée du porcelet en maternité – Sophie Brilland, Ceva Santé Animale
Sophie Brilland a présenté une démarche d’audit pour évaluer les facteurs de risque d’un microbiote altéré chez les porcelets en maternité. Elle a discuté des outils nécessaires pour évaluer le confort des porcelets avec notamment des impacts de la température et des pratiques d’élevage sur leur santé digestive.
Comment l’acide benzoïque protégé peut moduler le microbiote intestinal du porcelet – Mélina Guinard et Roberto Barea, Novus
Mélina Guinard et Roberto Barea ont présenté l’acide benzoïque protégé, une solution nutritionnelle innovante qui permet de moduler le microbiote intestinal des porcelets et d’améliorer leur santé digestive. Ils ont discuté des effets de cette solution sur la santé intestinale des porcelets sevrés et des paramètres zootechniques pouvant être améliorés.
Des analyses approfondies du microbiome des porcs grâce aux technologies de séquençage de troisième génération – Mouna Abed-Zahar, Labocea et Sebastiaan Theuns, PathoSense
Mouna Abed-Zahar et Sebastiaan Theuns ont présenté une nouvelle technique d’analyse du microbiome par séquençage de troisième génération. Ils ont expliqué les avantages du séquençage sans a priori et les matrices de prélèvements utilisables pour ce type d’analyse.